Le seul système de fichier utilisable simplement et automatiquement à la fois depuis Linux et Windows en lecture et en écriture est FAT32. En utilisant des clusters de 32Ko (ce qui est classique), on peut tout à fait formater des disques jusqu’à 2To ! Toutefois, sous Windows 9x/2000/XP, il n’est pas possible de formater des disque de plus de 32Go en FAT32. Microsoft impose volontairement cette limitation à 32Go afin de favoriser le système de fichier NTFS (réf : http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;fr;184006). Pour formater un disque de plus de 32Go en FAT32, il suffit donc de ne pas utiliser Windows. Vous pouvez, par exemple, utiliser mkdosfs sous Linux. Bien entendu, le disque ainsi formaté sera tout-à-fait utilisable sous Windows.

Remarque : des outils/drivers/modules permettent la lecture ou l’écriture sur des systèmes de fichier EXT depuis Windows et NTFS depuis Linux. Mais rien n’est encore très fiable et natif à ce niveau là.